محمد حنیف اتمر فرزند محمدآصف اتمر، در سال ۱۳۴۷ خورشید دو ولایت لغمان متولد شد. او از قبیله غلزایی است. و تحصیلات عالی خود را در سال ۱۳۷۷، در رشته، مطالعات انکشاف دهات به درجه لیسانس، در دانشگاه سیلیواک انگلستان به پایان رساند.
سپس در رشته‌ی روابط بین الملل و مدیریت امور کشورها، از دانشگاه یارک انگلستان مدرک فوق لیسانس (ماستر) خود را به دست آورد.
وی پیشینه تاریخی خدمت در اداره خدمات امنیت دولتی (خاد) در رژیم جمهوری دموکراتیک افغانستان، دارد و بعد از سقوط رژیم داکتر نجیب الله به انگلستان پناهنده شد و مشغول تحصیل شد.
حنیف اتمر، از نخستین اعضای کابینه افغانستان، بعد از سقوط امارت اسلامی طالبان و ایجاد اداره جدید به ریاست حامدکرزی بود. او وزیر توسعه و انکشاف روستا در دوره حکومت و دولت انتقالی بود و به حیث وزیر معارف در دوره نخست ریاست جمهوری حامدکرزی و وزیر داخله در دور دوم ریاست جمهوری وی کار کرد.
بر اساس گزارش بی بی سی، حنیف اتمر، بعد از حمله دهشت افگنان مسلح، در سال ۱۳۸۹ به لویه جرگه در روز برگزاری این جرگه، از سمت خود استعفا داده کنار رفت.
او پس از انتخابات سال ۲۰۱۴، به حیث مشاور امنیت ملی افعانستان تعیین شد. حنیف اتمر، موافقت نامه استراتژیک امنیتی میان افغانستان و ایالت متحده امریکا را امضا کرد.
وی از شخصیت‌های تأثیرگذار رژیم کنونی بوده و نزدیک ترین فرد به محمداشرف غنی احمدزی به اصطلاح رییس جمهور دولت وحدت ملی افغانستان می رفت. حنیف اتمر، در شرایطی استعفا می‌کند که حمله گسترده و خونین طالبان، بر ولایت غزنی شهر تاریخی و جایگاه سنایی، البیرونی، سلطان محمود و پایتخت فرهنگی جهان اسلام، صدها کشته و میلیون‌ها خسارت مالی برجای گذاشت و غزنی را به شهر سوخته و ویرانه‌ای تبدیل کرد.همزمان به ویرانی شهرغزنی، حمله‌ی انتحاری سازمان یافته، در مرکز آموزشی موعود، در غرب کابل، به وقوع پیوست، که جان ده‌ها دانش آموز نوجوان از مردم هزاره را قربانی گرفت. در روز عید نیز ارگ ریاست جمهوری مورد حمله خمپاره مخالفان سیاسی و برادران ناراضی اشرف غنی احمدزی قرار گرفت. بنابرآنچه گفته آمد، استعفا حنیف اتمر، به حمله‌های یاد شده و ناامنی‌های روزافزون در واقع در ارتباط بوده است.
برخی صاحب نظران، می‌گوید احتمال می‌دهد که اختلاف شدید میان اشرف غنی و حنیف در رابط تکیت انتخاباتی ریاست جمهوری آینده تلقی می کند.
اما در متن استعفانامه، حنیف اتمر علت استعفانامه خود روشن و واضح بیان می‌کند:«بدین وسیله احترامانه از وظیفه خویش منحیث مشاور امنیت ملی جمهوری اسلامی افغانسان در مطابقت با قانون استعفا می‌کنم. در حالی‌که از اعتماد جلالتمأب رییس جمهوری اسلامی افغانستان درین وظیفه از آغاز کار حکومت ملی عمیقا سپاس گزاری می‌نمایم. بنابر اختلافاجدی که باسیاست‌ها و روش‌های سطح رهبری دولت در عصرحفظ و تحکیم و حدت و اجماع‌ملی، تأمین صلح و امنیت، مدیریت سیاسی و امور انتخابات، حکومتداری خوب و تحکیم روابط منطقوی و بین المللی کشور در ماه‌های اخیر داشته‌ام و نتوانستم در حال آن به تفاهم برسیم، لازم می‌دانم ازین وظیفه استعفاکنم.»
براساس گزارش رادیو صدای امریکا بخش دری، حنیف اتمر یک ماه پیش، به تاریخ دوم ماه اسد، ۱۳۹۷ استعفا کرده است اما استعفا نامه اش روز شنبه سوم سنبله رسانه‌ای می شود.
گزارش مذکور می افزاید: «لحظات پس از استعفای آقای اتمر، محمدهارون چخانسوری. سخنگوی رییس جمهوری افغانستان. در یک پیام تویتر خود نوشته است که رییس جمهور غنی، استعفای آقای اتمر را پذیرفته و همزمان حمدالله مجیب، سفیر افغانستان در واشنگتن دی سی را به حیث مشاور جدید امنیت ملی خود برگزیده است».
در نتیجه، علت اساسی استعفای حنیف اتمر از پست مهم مشاورامنیت ملی، اختلافات شدید وی با اشرف غنی احمدزی نه تنها در رابطه با سیاست داخلی، امنیت و صلح بوده است؛ بلکه در رابطه با روابط و سیاست های منطقه‌ای و بین الملی نیز بوده، که باهم به تفاهم نرسیده اند. از آنجایی‌که حنیف اتمر به مسأله‌ی انتخابات آینده نیز اشاره می‌کند، پیداست که اشرف غنی احمدزی کاندید شدن حنیف اتمر را به ریاست جمهوری آینده نمی پذیرفته، لذا وی استعفا داده است.
