مباحث هویت
یک مجموعه از نقدها که از سوی منتقدان گرامی راجع به دانشنامۀ هزاره مطرح شده است، انتقادات مربوط به هویت است. بیتوجهی یا بیتفاوتی نسبت به ارزشهای عقیدتی و دینی و برجستهشدن ارزشهای غیردینی در دانشنامه نگرانی و دغدغهی دیگری است که در لابلای انتقادات از سوی برخی خوانندگان مطرح شده است. نبود پارهای از مدخلها همانند «اهل بیت»، «امام» و «امامت» در دانشنامه و پرهیز از تعابیری همچون «شهید»، «مجاهد»، «جهاد»، «مقاومت» و غیره نشانهها و دلایل این سوگیری غیرعلمی در دانشنامه تلقی شدهاند.